正十九年，秀长在大和国郡山城逝世，享年五十二岁。秀长的妻子本名不详，只知道法名为智云院。而秀长没有儿子，只有两个女儿大善院，其中阿菊嫁与秀长的姊姊阿智的三子丰臣秀保，也就是自己的表兄弟为正室，而此举的目的也是为了让秀保成为秀长的婿养子，而之后大和丰臣家的确是由秀保继承。大善院则是嫁给毛利秀元作正室，不过可能没有子嗣。另外，秀长还有一个养子藤堂高吉。

    秀长死后三年，文禄三年，秀保病故，只有十六岁，没有子嗣，大和丰臣家断绝。

    现在秀长与兄长秀吉和侄子丰臣秀赖一起被供奉在大阪市的丰国神社。